يعني برنامج الآثار الإسلامية بدراسة الحضارة والآثار الإسلامية منذ فجر الإسلام وحتى بداية العصر الحديث، كما يتضمن دراسة التراث القبطي وتاريخ الفن. ويهدف برنامج الآثار الإسلامية إلى إعداد آثاري مؤهل في مجال علوم الآثار الإسلامية مواكبًا لتطورات البحث العلمي؛ بما يلبي احتياجات سوق العمل وخدمة المجتمع وتنمية البيئة، وذلك من خلال التطوير المستمر للمقررات الدراسية للبرنامج، وللقدرات العلمية والبحثية لأعضاء هيئة التدريس والهيئة المعاونة والطلاب.